Il ricorso ai gruppi di lavoro deve considerarsi una modalità strutturale di organizzazione delle attività Rete; essi oltre ad essere gruppi della rete sono anche gruppi per la rete e cioè sono strumenti di ausilio e di sostegno al suo sviluppo. I gruppi sono costituiti, su base volontaria, su specifici dossier e ad essi sono assegnati funzioni di istruttorie di problematiche, proposte di attività, orientamenti per la formazione ecc. Le tematiche sulle quali costituire i gruppi di lavoro vengono generalmente individuate sulla base del programma di attività della rete; tuttavia, affinché tale scelta non precluda la possibilità di istituire gruppi di lavoro anche dopo l'approvazione del programma e qualora ne sorga la necessità, il Comitato di gestione è delegato ad operare in merito.
La composizione dei gruppi deve essere coerente con le finalità ad essi assegnate sia alla loro dimensione che alla loro composizione. Per consentirne l'operatività la dimensione dei gruppi, di massima, non supera le 10 persone e ad essi partecipano esperti con specifiche competenze sulla tematica di cui il gruppo si deve occupare. È possibile la partecipazione non solo del personale dei Nuclei ma anche di altri soggetti appartenenti alla pubblica amministrazione. La direzione di ogni gruppo viene generalmente assunta da responsabili dei nuclei. In termini operativi, ogni gruppo definisce una ipotesi di lavoro con il Comitato di gestione e con l'Unità tecnica che fornisce il supporto organizzativo e tecnico necessario.
Allo stato attuale sono stati attivati i seguenti gruppi di lavoro:
